Berdasarkan Peraturan Jaksa Agung Republik Indonesia nomor PER-006/A/JA/07/2017 pasal 971, Seksi Tindak Pidana Khusus mempunyai tugas melakukan pengelolaan laporan dan pengaduan masyarakat, penyelidikan, penyidikan, pelacakan aset dan pengelolaan barang bukti, prapenuntutan, pemeriksaan tambahan, praperadilan, penuntutan dan persidangan, perlawanan, upaya hukum, pelaksanaan penetapan hakim dan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap, pengawasan terhadap pelaksanaan pemidanaan bersyarat, putusan pidana pengawasan, keputusan lepas bersyarat, dan eksaminasi dalam penanganan perkara tindak pidana khusus di wilayah hukum Kejaksaan Negeri.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 971, Seksi Tindak Pidana Khusus menyelenggarakan fungsi:

1. penyiapan bahan penyusunan rencana dan program kerja;
2. pelaksanaan penegakan hukum di bidang tindak pidana khusus di Kejaksaan Negeri;
3. koordinasi dan sinkronisasi pelaksanaan kebijakan di bidang tindak pidana khusus di Kejaksaan Negeri;
4. pelaksanaan hubungan kerja dengan instansi atau lembaga baik di dalam negeri maupun di luar negeri di Kejaksaan Negeri; dan
5. pemantauan, analisis, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan kegiatan di bidang tindak pidana khusus di Kejaksaan Negeri.